Os governadores das Armas tinham suas funções reguladas pelo regimento de 1º de junho de 1678, dentre elas o julgamento dos crimes cometidos por militares, o envio de informações sobre o estado das fortificações, trens e apetrechos de guerra para o rei. Ao governador das Armas cabia regular, dirigir e inspecionar a economia, disciplina e preparo de toda a tropa, instrução das tropas de primeira e segunda linha, nomeação de comandantes das fortalezas e outros postos militares, remeter aos presidentes os requerimentos e representações de militares, propostas e ofícios, e cuidar do provisionamento da tropa. O decreto de 28 de junho de 1830 determinou que os governadores das Armas passassem a ser chamados de comandantes.

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